Η φυσική βλάστηση του όρους Κυλλήνη (Ζήρεια) είναι αποτέλεσμα συνεπίδρασης διαφόρων παραμέτρων και κυρίως της χλωρίδας, των βιοκλιματικών συνθηκών, της ορεογραφικής διαμόρφωσης, της πετρολογικής-γεωλογικής σύστασης, του εδάφους και των ανθρώπινων δραστηριοτήτων που ασκήθηκαν και συνεχίζουν να ασκούνται κατά την ιστορική εξέλιξη της περιοχής από το παρελθόν μέχρι σήμερα.   Τα φυσικά οικοσυστήματα της περιοχής περιλαμβάνουν:

• δασικά οικοσυστήματα (δάση χαλεπίου πεύκης, μαύρης πεύκης, χνοώδους δρυός, κεφαλληνιακής ελάτης),
• οικοσυστήματα χαμηλών και υψηλών θαμνώνων (αείφυλλοι σκληρόφυλλοι σχηματισμοί, φρύγανα),
• οικοσυστήματα χασμοφυτικής βλάστησης και παραποτάμια οικοσυστήματα

Τα φυσικά οικοσυστήματα μπορούν να διακριθούν σε δύο μεγάλες ενότητες ακολουθώντας την ορολογία που χρησιμοποιείται από τον Νταφη (1986):

α. Τα οικοσυστήματα “κλίμαξ” ή τελικά ή βιοκλιματικά καθοριζόμενα (υπόκεινται σε βιοκλιματικό καθορισμό). Πρόκειται για μια κατάσταση ισορροπίας που προκύπτει από την εξέλιξη του εδάφους, της βλάστησης και της πανίδας υπό την επίδραση του βιοκλίματος. Η βλάστηση των εξεταζόμενων οικοσυστημάτων ονομάζεται ζωνική καθώς συνδέεται με ορισμένες κλιματικές ζώνες και αντιστοιχεί στις επικρατούσες ζώνες βλάστησης.

Σ’ αυτό τον τύπο οικοσυστημάτων ανήκουν οι ακόλουθες μονάδες βλάστησης της περιοχής:

• τα δάση χαλεπίου πεύκης (Pinus halepensis),
• τα δάση κεφαλληνιακής ελάτης και
• μαύρης πεύκης (Abies cephalonica και Pinus nigra),
• τα δάση με φυλλοβόλες δρύες (Quercus pubescens),
• οι υποβαθμισμένοι θαμνώνες με πουρνάρι (Quercus coccifera) (πρινώνες),
• οι υψηλοί θαμνώνες με πουρνάρι και φιλλύκι (Quercus coccifera και Phillyrea latifolia),
• οι κοινότητες φρυγάνων που διακρίνονται στην περιοχή μελέτης,
• τα πετρώδη-βραχώδη λιβάδια που απαντούν πάνω από τα δασοόρια (θεωρούνται στην πραγματικότητα ως ανθρωπο-κλιματικές κλίμαξ καταστάσεις, κ.ά.)

β. Τα σταθερά ή διαρκή ή εδαφικά εξαρτώμενα (υπόκεινται σε εδαφικό καθορισμό). Πρόκειται για οικοσυστήματα που δημιουργήθηκαν σε ακραία περιβάλλοντα, όπου δηλ. ξεχωρίζει τοπικά η σημασία ενός από τους παράγοντες του περιβάλλοντος (π.χ. τοπική δυσκολία αποστράγγισης του εδάφους η οποία οδηγεί στη δημιουργία ελών, συνεχής ή περιοδικά κατάκλυση με νερό, η περιοδική ροή νερού, οι ισχυροί άνεμοι και άλλες παράμετροι σχηματισμού αμμοθινών, κ.ά.). Η βλάστηση των εν λόγω οικοσυστημάτων, που αποτελεί το σημαντικότερο δομικό στοιχείο τους, ονομάζεται αζωνική, δεν είναι βιοκλιματικά καθοριζόμενη (δεν συνδέεται με ορισμένες κλιματικές ζώνες) και επιπλέον δεν αντιστοιχεί με τις επικρατούσες ζώνες βλάστησης.

Σ’ αυτόν τον τύπο οικοσυστημάτων ανήκουν  οι ακόλουθες μονάδες βλάστησης της περιοχής:

• οι κοινότητες χασμοφυτικής βλάστησης,
• οι κοινότητες των κινούμενων και των σχετικά σταθεροποιημένων ασβεστολιθικών σαρών,
• οι δασικές κοινότητες με πλατάνια (Platanus orientalis) (πλατανεώνες),
• οι υγρόφιλες κοινότητες.

Η βλάστηση της περιοχής μελέτης χαρακτηρίζεται ως ιδιαίτερα ποικίλη καθώς περικλείει 32 syntaxa (φυτοκοινωνίες, υποφυτοκοινωνίες ή φυτοκοινότητες) που εντάσσονται σε επιμέρους ενότητες και ζώνες βλάστησης:

• Δάση χαλεπίου πεύκης (1 syntaxon),
• Θαμνώνες αειφύλλων σκληροφύλλων με πουρνάρι (3 syntaxa),
• Δάση μαύρης πεύκης (2 syntaxa),
• Δάση φυλλοβόλων δρυών (1 syntaxon),
• Δάση κεφαλληνιακής ελάτης (3 syntaxa),
• Θαμνώνες και δασικοί σχηματισμοί με αρκεύθους (2 syntaxa)
• Βλάστηση φρυγάνων (1 syntaxon),
• Χασμοφυτική βλάστηση απόκρημνων ασβεστολιθικών βράχων (4 syntaxa),
• Ορεινά- και Ορο- Μεσογειακά χέρσα εδάφη με ακανθώδεις θάμνους (10 syntaxa)
• Χλοώδη («ξυρισμένα») χιονόφιλα λιβάδια μεγάλων υψομέτρων (1)
• Λιθώνες (σάρες) των ανωδασικών οριζόντων (2 syntaxa).
• Παρόχθια βλάστηση με ανατολική πλάτανο (2 syntaxa),
• Υγρόφιλες κοινότητες (1 syntaxon).

Οι παραπάνω φυτοκοινότητες κλίμαξ, αναφέρονται κυρίως στους βιοκλιματικά καθοριζόμενους τύπους βλάστησης (ζωνική βλάστηση), που συνδέονται με ορισμένες κλιματικές ζώνες και αντιστοιχούν στις επικρατούσες ζώνες βλάστησης, αλλά και στους ανθρωπο-κλιματικά καθοριζόμενους τύπους βλάστησης (λιβάδια πάνω από τα δασοόρια).

Κατά μήκος των οχθών των ρεμάτων, πάνω σε κάθετους ασβεστολιθικούς βραχώδεις σχηματισμούς και σάρες,  αναπτύσσονται αζωνικοί τύποι βλάστησης, οι οποίοι δεν συνδέονται με  ορισμένες κλιματικές ζώνες και επιπλέον δεν αντιστοιχούν  με τις επικρατούσες ζώνες βλάστησης, οι κύριες κατηγορίες των οποίων είναι οι ακόλουθοι: πλατανεώνες, χασμοφυτική βλάστηση, βλάστηση των σαρών, κ.ά.